常见的孢子虫种类主要包括疟原虫、弓形虫、隐孢子虫和肺孢子菌等。

疟原虫是引起疟疾的病原体，寄生于人体的疟原虫有四种，即间日疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫和卵形疟原虫。疟原虫的生活史需要在人和按蚊两个宿主体内完成。在人体阶段，疟原虫先后在肝细胞和红细胞内发育，会导致患者出现周期性发作的寒战、高热和出汗退热等症状，严重时可危及生命。

弓形虫是一种机会致病性原虫，呈世界性分布。它的终宿主是猫科动物，中间宿主包括人在内的多种哺乳动物和鸟类。人感染弓形虫大多为隐性感染，但在免疫功能低下时，如艾滋病患者、器官移植者等，可引起严重的弓形虫病，导致脑炎、心肌炎、肺炎等。孕妇感染弓形虫后，还可能通过胎盘感染胎儿，造成胎儿畸形、流产等。

隐孢子虫是一种重要的机会致病原虫，主要寄生于人和动物的消化道和呼吸道上皮细胞内。隐孢子虫病是一种以腹泻为主要临床表现的人畜共患病。免疫功能正常者感染后，常表现为自限性腹泻；而免疫功能缺陷者，如艾滋病患者，感染后可出现严重的顽固性腹泻，甚至导致死亡。

肺孢子菌主要引起肺孢子菌肺炎，是一种严重的机会感染性疾病。肺孢子菌广泛存在于自然界和人和动物的呼吸道内。健康人感染后多为隐性感染，当宿主免疫力低下时，潜伏的肺孢子菌会大量繁殖，引起间质性肺炎。肺孢子菌肺炎是艾滋病患者最常见的机会性感染和致死原因之一。

这些孢子虫在不同的环境和宿主条件下，都可能对人类健康造成严重威胁，因此对它们的研究和防控具有重要意义。