卡他莫拉菌的鉴定可从多个方面进行。

在标本采集方面，根据感染部位不同，可采集相应的标本，如痰液、咽拭子、中耳分泌物、脑脊液等。采集时要严格遵循无菌操作原则，以保证标本的质量，避免外界杂菌污染影响后续鉴定结果。

形态学检查是初步鉴定的重要环节。卡他莫拉菌为革兰阴性双球菌，呈咖啡豆状或肾形，凹面相对。在痰涂片等标本中，常成双排列，有时可呈短链状。通过显微镜观察其形态特征，可做出初步判断，但仅靠形态学难以确诊，还需结合其他方法。

培养特性也有助于鉴定。该菌营养要求不高，在血平板、巧克力平板上均可生长。在血平板上，35℃培养18 - 24小时后，可形成直径1 - 3mm、圆形、光滑、湿润、灰白色、不溶血的菌落。挑取可疑菌落进行进一步鉴定。

生化反应是鉴定的关键步骤。卡他莫拉菌氧化酶试验阳性，触酶试验阳性，可与其他革兰阴性双球菌相鉴别。该菌可产生DNA酶，能分解DNA，通过DNA酶试验可进行检测。另外，它不发酵糖类，利用硝酸盐还原试验可发现其能还原硝酸盐和亚硝酸盐。

免疫学方法也可用于卡他莫拉菌的鉴定。如采用免疫荧光法、酶联免疫吸附试验等，利用特异性抗体检测标本中的卡他莫拉菌抗原，具有较高的敏感性和特异性，能快速得出结果。

分子生物学技术近年来在卡他莫拉菌鉴定中应用越来越广泛。如聚合酶链反应（PCR）技术，通过扩增卡他莫拉菌的特异性基因片段，进行核酸序列分析，可准确鉴定该菌，并且对于一些难以培养或培养结果不典型的标本，分子生物学方法优势明显。通过综合运用以上多种鉴定方法，能够准确、快速地对卡他莫拉菌进行鉴定。