细菌命名采用拉丁双名法，这是国际上统一的细菌命名规则，由林奈创立。该命名法的基本结构是属名在前，种名在后，属名和种名均用拉丁文或拉丁化的文字来表示。

属名是一个名词，首字母要大写，它描述了细菌的主要特征或所属的类别，代表着细菌较为宽泛的分类归属。比如，常见的葡萄球菌属（Staphylococcus），“Staphylococcus”这个属名形象地体现了这类细菌在显微镜下呈葡萄串状排列的形态特征。

种名是一个形容词，首字母小写，用于进一步区分属内的不同细菌种类，通常反映细菌的某些特性，如形态、来源、生化反应或致病性等。例如，金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus），“aureus”在拉丁文中表示金黄色，准确地指出了该细菌在生长过程中可产生金黄色色素这一显著特征。

完整的细菌学名在印刷时使用斜体，在书写时则需在属名和种名下面分别划横线。当泛指某一属细菌，不特指其中某个菌种时，可在属名后加sp.（单数）或spp.（复数）。例如，Salmonella sp.表示沙门氏菌属中的一种细菌，Salmonella spp.则表示沙门氏菌属中的多种细菌。

如果是新发现的细菌，在命名时需要经过国际细菌分类委员会的审核和批准，以确保命名的科学性、准确性和唯一性。这种命名方法为全球的微生物学家提供了统一的交流语言，避免了因不同国家或地区使用不同名称而造成的混乱，极大地促进了细菌学研究的发展和交流。