鉴别培养基是一类在培养基中加入特定作用底物及指示剂，通过观察微生物在其中生长时对底物的作用情况，产生不同的代谢反应，从而鉴别不同微生物的培养基。其作用原理主要基于微生物自身的代谢特点和底物与指示剂的特性。

不同的微生物具有不同的酶系统，这决定了它们对底物的利用能力和代谢产物各不相同。例如，大肠杆菌和产气杆菌都能分解葡萄糖，但大肠杆菌具有甲酸解氢酶，可将分解葡萄糖产生的甲酸进一步分解为二氧化碳和氢气，而产气杆菌没有该酶，不能进行此分解。在含有葡萄糖的鉴别培养基中，通过观察是否产生气泡等现象，就能区分这两种细菌。

鉴别培养基中添加的底物是关键成分。这些底物通常是特定的糖类、醇类、氨基酸等，微生物对它们的分解能力存在差异。比如，在SS琼脂培养基中，含有乳糖，志贺菌和沙门菌一般不发酵乳糖，而大肠埃希菌等发酵乳糖。通过观察菌落周围培养基颜色的变化，就可以初步区分不同细菌。

指示剂在鉴别培养基中也起着重要作用。它能与微生物代谢产物发生特定的颜色反应。像在伊红美蓝培养基中，伊红和美蓝是指示剂。当大肠杆菌发酵乳糖产酸时，酸性环境会使伊红和美蓝结合，形成紫黑色并带有金属光泽的菌落，而不发酵乳糖的细菌则形成无色透明菌落，这样就可以很直观地对细菌进行鉴别。

综上所述，鉴别培养基正是利用微生物代谢特性的差异、特定底物以及指示剂的颜色反应，实现对不同微生物的快速、准确鉴别，在临床检验、微生物研究等领域具有重要意义。