肺炎衣原体感染后，症状会因个体差异有所不同，通常起病较为隐匿，潜伏期相对较长，一般在15 - 23天左右。
在呼吸系统方面，多数患者会出现上呼吸道感染症状，像是咽痛、声音嘶哑、流鼻涕等，随后可能逐渐发展为
咳嗽，这种
咳嗽多为持续性干咳，少痰，而且
咳嗽症状可能会持续数周甚至数月。部分患者还会有发热的情况，体温一般在38℃左右，少数患者可能出现高热。病情严重时，会引发肺炎，出现气促、呼吸困难等症状，肺部听诊可闻及湿啰音。
除了呼吸系统症状外，肺炎衣原体感染还可能累及其他系统。心血管系统方面，感染后可能诱发
心肌炎、心包炎等，患者会感到
心悸、胸痛、胸闷等不适。神经系统也可能受到影响，患者可能出现
头痛、头晕、嗜睡、意识障碍等症状，严重时甚至可能引发脑炎等严重并发症。另外，还可能影响消化系统，导致患者出现食欲减退、恶心、呕吐、腹泻等症状。
由于肺炎衣原体感染的症状缺乏特异性，与其他病原体感染引起的症状有相似之处，所以在诊断时需要结合患者的临床表现、实验室检查等多方面进行综合判断。
