常见耐药菌的耐药机制主要有以下几种。

首先是产生灭活酶或钝化酶。细菌可产生能破坏抗菌药物结构的酶，使药物失去活性。例如，β -内酰胺酶是细菌对β -内酰胺类抗生素耐药的主要机制，它能水解β -内酰胺环，使青霉素类和头孢菌素类药物失效。氨基糖苷类钝化酶可以使氨基糖苷类抗生素的化学结构发生改变，不能与细菌核糖体结合，从而无法发挥抗菌作用。

其次是改变细菌细胞壁或细胞膜的通透性。细菌可以通过改变细胞壁或细胞膜的结构和功能，阻止抗菌药物进入菌体内。比如，革兰阴性菌外膜上存在多种孔蛋白，当孔蛋白的数量减少或结构改变时，药物进入细菌的量就会减少，导致耐药。一些细菌还能产生外排泵，将进入菌体内的药物主动排出，降低菌体内药物浓度，如金黄色葡萄球菌的NorA外排泵可将氟喹诺酮类药物排出。

再者是改变抗菌药物作用靶位。细菌可以通过改变靶蛋白的结构或数量，使抗菌药物不能与其结合或亲和力降低。例如，肺炎链球菌对青霉素的耐药是由于青霉素结合蛋白（PBPs）的结构改变，使青霉素无法与PBPs有效结合，从而不能抑制细菌细胞壁的合成。

另外，细菌还可以通过代谢途径的改变来产生耐药。有些细菌可以增加对药物拮抗物的产生，如金黄色葡萄球菌对磺胺类药物耐药是因为其产生大量的对氨基苯甲酸（PABA），与磺胺类药物竞争二氢叶酸合成酶，使磺胺类药物的抗菌作用减弱。

总之，细菌的耐药机制是复杂多样的，而且不同的耐药菌可能存在一种或多种耐药机制，这给临床治疗带来了很大的挑战。