钩端螺旋体感染后症状较为复杂多样，与感染钩端螺旋体的类型、毒力以及人体的免疫状态等因素密切相关，潜伏期一般为2 - 20天，平均10天左右，整个病程可分为早期、中期和后期。
早期也就是钩端螺旋体败血症期，一般在起病后3天内，主要表现为全身感染中毒症状。患者会突然发热，体温可高达39℃左右，多为稽留热，部分患者为弛张热，伴有畏寒或寒战。
头痛较为明显，全身肌肉酸痛，尤其是腓肠肌和腰背肌疼痛突出，严重时犹如刀割样。全身乏力显著，肢体软弱，甚至难以站立和行走。眼结膜会出现充血，不伴有畏光、疼痛和分泌物，可持续整个病程。浅表淋巴结肿大，主要为腹股沟和腋窝淋巴结，质软，有压痛，但无红肿和化脓。
中期即器官损伤期，发生在起病后3 - 10天，根据不同的临床表现可分为不同类型。
流感伤寒型最为常见，症状类似
流感和伤寒，病情相对较轻，一般无明显器官损害。肺出血型患者可出现
咳嗽、咯血，严重者可发生致命性的大咯血，表现为面色苍白、烦躁不安、呼吸急促、心率加快等。黄疸出血型会出现进行性加重的黄疸、出血倾向和肾功能损害，如皮肤黏膜黄染、鼻出血、呕血、便血等，严重时可导致急性肾衰竭。脑膜脑炎型患者会出现
头痛、呕吐、颈项强直等脑膜刺激征，严重者可发生昏迷、抽搐等。
后期是恢复期或后发症期，在起病10天以后，多数患者热退后各种症状逐渐消失而痊愈。但部分患者可出现后发症，如后发热，体温在热退后1 - 5天再次升高，一般在38℃左右，持续1 - 3天可自行消退。眼后发症常见于热退后1周至1个月，表现为虹膜睫状体炎、脉络膜炎或葡萄膜炎等。反应性
脑膜炎，少数患者在后发热的同时可出现
脑膜炎症状和体征，但脑脊液钩端螺旋体培养阴性，预后良好。闭塞性脑动脉炎，多在病后半个月至5个月出现，表现为偏瘫、失语、多次反复短暂肢体瘫痪等。
