小肠结肠炎耶尔森菌肠杆菌科耶尔森菌属，为革兰氏阴性小杆菌，有毒菌株多呈球杆状，无毒株以杆状多见。对营养要求不高，能在麦康凯琼脂上生长，但较其他肠道杆菌生长缓慢，培养的最适宜温度为28℃，最适pH值为7～8，初次培养菌落为光滑型，通过传代接种后菌落可能呈粗糙型。
本菌具有“嗜冷性”，在水中和低温下（4℃）能生长，为肠道中能在4℃生长繁殖的少数细菌之一。因此，食品冷藏保存时，应防止被该菌污染。
野生动物、家畜（猪、狗和猫）、牡蛎和水源中都能分离到本菌，亦可从健康人或患者粪便中分离得到，其传播方式可能与摄入被尿、粪便污染的食物（尤其是肉类）和接触感染动物等有关。
本菌可产生耐热肠毒素，121℃30分钟不被破坏，对酸碱稳定，pH1～11不失活。肠毒素产生迅速，在25℃下培养12小时，培养基上清液中即有肠毒素产生，24～48小时达高峰。肠毒素是引起腹泻的主要因素。毒力型菌株均有VW抗原（蛋白脂蛋白复合物），为毒力的重要因子，与侵袭力有关，侵袭力可能是耶尔森菌感染肠道表现的病理基础。
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