早期对隐孢子虫病的诊断须进行肠粘膜活组织检查，近年则主要从粪便中查出卵囊确诊。检查方法多用粪便直接涂片染色法。水样泻的临床症状可作参考。
金胺－酚染色法：染色后在荧光显微镜下可见卵囊为圆形，发出乳白色略带绿色的荧光，中央淡染，似环状。本法简便、敏感，适用于批量标本的过筛检查，但需要荧光显微镜，限制了在基层卫生机构的广泛应用。
改良抗酸染色法：染色后背景为蓝绿色，卵囊呈玫瑰红色，内部结构清晰。
金胺酚－改良抗酸染色法：上述方法染色后，标本中多存在非特异的红色抗酸颗粒，貌似卵囊，难以鉴别。本法先用金胺－酚染色后，再用改良抗酸染色法复染，染后用光学显微镜检查，其卵囊同抗酸染色，而非特异性颗粒呈蓝黑色，颜色与卵囊不同有利于卵囊的检查，并提高了检出率和准确性。
免疫诊断，国外已有几种方法，其中单克隆荧光抗体法较敏感特异。
