用化学或物理方法将病原菌杀死后仍保持免疫原性可制备死菌苗。常用的死菌苗有霍乱、伤寒、副伤寒甲、乙混合菌苗、百日咳菌苗等。由于病原菌已被杀死，不能繁殖，因此死菌苗用量较大，接种后可能出现局部肿痛或发热等全身反应。死菌苗大多需要多次接种才能获得较好的免疫效果。为减少死菌苗的接种次数，现常将不同种类的死菌苗作合理混合，制成联合菌苗，如伤寒菌、甲、乙型副伤寒菌混合的三联菌苗。
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