所在的超净工作台出厂前都经过严格的测试，以保证正常的使用。但这并不是说，厂家的测试就能代替操作者使用前作必要的检验和调试。因为超净工作台所处的环境各异，只有经过适当的检验和调试，才能最大限度地发挥设备的作用。
在调试前应为机器选定一个较好的环境。将其置于一间有空气消毒设施的无菌室是最好的，如果条件不具备，就应将机器安放于人员走动少、较清洁的房间中。调整各脚的高度，以保证稳妥和操作面的水平。超净工作台的供电应采用一条专门电路，以避免电路过载造成空气流速的改变。
紫外线杀菌灯和照明用日光灯是超净工作台的标准配置，鼓风机提供空气流动的动力，这些部件是否正常工作是一目了然的。最困难也是最重要的是检查空气滤板及其密封性，它直接关系到机器的正常使用。最简单的检查方法是营养琼脂平板法。
新购买的和久置未用的超净工作台除用紫外灯等照射外，最好能进行熏蒸处理，然后在机器处于工作状态时在操作区的四角及中心位置各放一个打开的营养琼脂平板，两小时后盖上盖并置37℃培养箱中培养24小时，计算出菌落数。平均每个平皿菌落数必须少于0.5个。
