胃肠运动主要受到自主神经系统和局部肠神经系统（又称为第二大脑）的双重调控。自主神经系统分为交感神经和副交感神经系统，而肠神经系统则包括肌间神经丛和平滑肌内的黏膜下神经丛。
1.副交感神经系统：主要是通过迷走神经来增加胃肠运动。当食物进入消化道时，会刺激胃肠道的机械感受器和化学感受器，这些信号通过迷走神经传至脑干，再由脑干发出指令使迷走神经理兴奋，释放乙酰胆碱等递质作用于平滑肌细胞上的受体，促使胃肠平滑肌收缩加强，促进消化道蠕动。
2.交感神经系统：通常抑制胃肠道活动。在应激或紧急情况下，如剧烈运动、情绪激动时，交感神经兴奋，释放去甲肾上腺素等递质作用于肠壁的受体，导致胃肠平滑肌松弛，减少血流量，并减弱消化道蠕动。
3.肠神经系统：是存在于胃肠道壁内的一个复杂的网络系统。它能够独立地控制一部分胃肠运动，即使在切断迷走神经后仍能保持基本的消化功能。肠神经系统的活动受局部机械、化学等因素的影响，在食物刺激下产生兴奋性或抑制性的反应，调节平滑肌收缩与松弛，维持正常的消化过程。
此外，激素如胃泌素、胆囊收缩素等也能影响胃肠运动。这些因素共同作用于胃肠道，以适应不同生理状态下的需求。
