mRNA（信使核糖核酸）在蛋白质合成过程中起着关键的作用，它将DNA上的遗传信息转录成可以被翻译成蛋白质的形式。具体来说，mRNA指导氨基酸排列的机制如下：
1. 转录过程：首先，在细胞核内，特定基因区域的DNA双链会解开，其中一条链作为模板，通过一系列酶（主要是RNA聚合酶）的作用合成一段与之互补的mRNA分子。
2. 剪接和加工：新合成的mRNA前体还需要经过剪接等加工步骤，去除不编码蛋白质的部分（内含子），保留编码部分（外显子）。这样形成成熟的mRNA，然后从细胞核转移到细胞质中。
3. 翻译过程：在细胞质中的核糖体上开始翻译过程。每个mRNA上的三个连续的碱基组成一个密码子，不同的密码子对应特定的氨基酸或终止信号。tRNA（转运RNA）携带相应的氨基酸，并通过其反密码子与mRNA上的密码子配对。
4. 氨基酸链形成：随着核糖体沿着mRNA移动，每一步都会将新的氨基酸添加到正在增长的多肽链上。当遇到终止密码子时，翻译过程结束，释放出完整的蛋白质分子。

通过这种方式，mRNA上的遗传信息就被准确地转化为特定序列的氨基酸，进而折叠成具有生物活性的蛋白质。