补体系统的激活主要通过三条途径实现，分别是经典途径、旁路途径和凝集素途径。
1. 经典途径：这一途径主要是由抗原-抗体复合物（通常是IgG或IgM类型的免疫球蛋白与特定抗原结合形成的复合物）启动。当这些复合物形成时，它们可以激活补体系统中的C1成分，进而触发一系列的酶促反应，最终导致膜攻击复合物（MAC）的形成，对靶细胞产生溶细胞作用。
2. 旁路途径：此途径不依赖于抗原-抗体复合物的存在而启动。它可以通过微生物表面的一些特定分子如脂多糖、酵母多糖等直接激活C3成分，之后的过程与经典途径相似，也能导致MAC的生成。此外，在某些情况下，血清中的低水平C3自发水解产物也可以作为旁路途径的起始点。
3. 凝集素途径：该途径是近年来发现的一种新的补体激活方式，主要由识别病原微生物表面特定糖类结构（如甘露糖和葡萄糖）的凝集素蛋白（例如甘露糖结合凝集素MBL或纤维胶原样C型凝集素ficolins）启动。这些凝集素与目标分子结合后能够激活相应的丝氨酸蛋白酶，进而促进后续补体成分的级联反应。
这三种途径虽然起始机制不同，但最终都会汇聚到C3转化酶和C5转化酶的作用上，共同参与免疫防御过程。
