肠结核的确诊需要综合多种检查方法来确定，因为其症状可能与其他肠道疾病相似。以下是主要的检查手段：
1. 病史与体格检查：医生会详细询问患者的病史，包括既往是否有肺结核或其他部位结核病史、有无接触过结核病人等，并进行详细的体格检查。
2. 影像学检查：
   - 腹部X线平片：可发现腹部淋巴结肿大或肠管扩张。
   - CT扫描：可以更清晰地显示肠道壁增厚、肠腔狭窄及周围组织器官受累情况，对于诊断和评估病变范围具有重要价值。
   - 钡餐造影：有助于观察小肠的形态变化，如跳跃征象（Skip Lesion）、线样征象等特异性表现。
3. 内镜检查：
   - 结肠镜：能够直接观察到回盲部及升结肠黏膜炎症、溃疡形成等情况，并可取活检做病理学检查。
   - 小肠镜或胶囊内镜：对于小肠受累的患者，可通过此方法进一步明确诊断。
4. 实验室检查：
   - 血常规：部分患者可能出现贫血和白细胞计数异常。
   - 红细胞沉降率（ESR）及C反应蛋白（CRP）升高：提示存在慢性炎症或感染。
   - 结核菌素试验（PPD皮试）或干扰素γ释放试验（IGRA）：阳性结果支持结核感染的可能性，但不能单独用于诊断肠结核。
5. 细菌学检查：
   - 痰液、粪便等标本的抗酸染色及培养：虽然阳性率较低，但如果找到抗酸杆菌则有重要参考意义。
   - 活检组织病理学检查中发现干酪样坏死性肉芽肿，并且通过分子生物学技术如PCR检测到结核分枝杆菌DNA。
6. 其他辅助诊断：
   - PET-CT：在某些情况下，可用于评估全身状况及指导治疗方案的选择。
   
最终确诊肠结核需要结合临床表现、影像学特征以及细菌学证据等多方面信息。如果怀疑为肠结核但常规检查未能明确，则可能需进行更深入的探究或长期随访观察。