肺炎是一种常见的呼吸系统疾病，其主要特点为肺部组织发炎。根据不同的分类标准，肺炎可以分为多种类型，如社区获得性肺炎（CAP）、医院内获得性肺炎（HAP）等。不同类型的肺炎可能由不同的病原体引起，但总体来说，细菌、病毒、真菌和寄生虫都是潜在的致病因素。

在所有导致肺炎的微生物中，细菌是最常见的致病菌。具体到主要致病菌种，则因患者年龄、免疫状态、感染环境等因素而异：
1. 社区获得性肺炎（CAP）：最常见的致病菌是肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae），它约占所有成人社区获得性肺炎病例的50%以上。此外，流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌等也是重要的病原体。
2. 医院内获得性肺炎（HAP）：这类肺炎往往涉及更复杂的致病机制和耐药问题，常见的致病菌包括铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌等。这些细菌通常对多种抗生素具有抗性，治疗难度较大。
3. 免疫功能低下患者或老年人群：此类人群可能更容易受到条件致病菌的感染，如肺炎克雷伯杆菌、鲍曼不动杆菌等。
4. 特殊情况下还可能出现其他少见但重要的致病菌，例如军团菌属细菌可引起军团菌病；结核分枝杆菌则导致肺结核。

综上所述，虽然肺炎链球菌是最常见的致病菌之一，但在临床实践中需要根据患者的具体情况来确定最可能的致病微生物，并据此选择合适的诊断方法和治疗方案。