蛋白质消化的主要场所是在小肠，但其过程实际上是从胃部开始的。食物进入胃后，胃酸（主要是盐酸）和胃蛋白酶原在胃内被激活为胃蛋白酶，这一步骤可以初步分解蛋白质分子，使其变得更容易被进一步处理。当这些部分消化的蛋白质随食糜移动到小肠时，真正的高效消化过程才正式开始。
在小肠中，胰腺分泌的多种酶如胰蛋白酶、糜蛋白酶等与食物混合，它们能够将较大的蛋白质分子分解成更小的多肽链和氨基酸。此外，小肠壁自身也能产生一些酶，比如氨基肽酶和羧基肽酶，这些酶可以进一步作用于多肽数列末端，最终将所有蛋白质完全水解为单个氨基酸或小分子多肽。
氨基酸和小分子多肽随后通过小肠黏膜被吸收入血液中，并输送到全身各个细胞以供利用。因此，虽然胃对蛋白质的初步分解起到了一定作用，但小肠才是蛋白质消化吸收的关键场所。
