小儿腹泻主要影响的是消化系统的胃肠道，尤其是小肠和大肠。在正常情况下，食物进入口腔后经过食道到达胃部，在胃中进行初步的消化之后再进入小肠，小肠负责吸收大部分营养物质，而水分则主要由大肠吸收。当发生腹泻时，这个过程会受到影响。
1. 小肠：如果是因为病毒、细菌感染或是寄生虫导致的小儿腹泻，常常会引起小肠黏膜炎症反应，影响其对食物中营养成分的正常吸收能力，造成水和电解质失衡，从而出现稀便或水样便的情况。此外，某些特定类型的腹泻（如乳糖不耐受）也可能与小肠内酶活性下降有关。
2. 大肠：大肠的主要功能是吸收水分并形成固体粪便。当发生急性腹泻时，肠道蠕动加快，通过时间缩短，导致大量未被充分吸收的液体快速排出体外，引起水样便；慢性腹泻则可能与大肠黏膜长期受损有关，比如炎症性肠病等。
3. 胃：虽然胃不是直接造成腹泻的主要部位，但某些情况下如
食物中毒、过敏反应等可首先影响到胃部，引发呕吐等症状，并间接导致腹泻的发生。
总之，小儿腹泻主要涉及消化道的多个部分，尤其是小肠和大肠。对于具体原因引起的腹泻，在临床诊断中需要结合病史、体征及辅助检查结果综合判断。
