军团菌肺炎和肺真菌病是两种不同的呼吸系统感染，它们在临床表现、实验室检查以及影像学特征上都有所不同。正确区分这两种疾病对于选择合适的治疗方案至关重要。

首先，在临床表现方面，军团菌肺炎患者通常会出现急性发热、寒战、咳嗽（可能伴有黄绿色痰）、胸痛、肌肉疼痛和乏力等症状。部分患者还可能出现消化系统症状如恶心、呕吐和腹泻。而肺真菌病的症状则相对更为多样且非特异性，包括慢性或反复发作的呼吸道症状，如干咳、低热、体重减轻、夜间盗汗等。在免疫功能低下的人群中，肺真菌感染可能表现为急性重症肺炎。

其次，在实验室检查方面，军团菌肺炎可以通过尿液抗原检测（特别是嗜肺军团菌血清1型）、痰或支气管肺泡灌洗液中的细菌培养来确诊。而肺真菌病的确诊则依赖于真菌培养、组织病理学检查以及特异性抗体的测定。对于疑似病例，还可以通过PCR技术从呼吸道分泌物中检测特定的真菌DNA。

最后，在影像学特征上，军团菌肺炎常表现为斑片状或大叶性实变影，边缘模糊；而肺真菌病则可能显示为结节、空洞形成或者磨玻璃样改变。需要注意的是，某些情况下两种疾病的影像表现可能会有重叠，因此不能单凭影像学结果作出诊断。

总之，在临床工作中需要结合患者的流行病学史（如是否有军团菌暴露史或免疫抑制状态）、临床症状、实验室检查及影像学特征综合判断，并及时进行相关微生物学检测以明确诊断。