在DNA变性的过程中，主要是氢键和碱基堆积力这两种力量被破坏，从而导致了双链的分离。具体来说：
- 氢键：DNA分子中的两条互补链通过特定的碱基配对规则（即A与T之间形成两个氢键，C与G之间形成三个氢键）相互连接在一起。当条件变化时（如温度升高、pH值改变等），这些较弱的氢键容易断裂，使得双螺旋结构逐渐失去稳定性。
- 碱基堆积力：除了氢键之外，DNA分子内部还存在着碱基之间的范德华力以及π-π共轭作用所形成的吸引力，这种力量被称为碱基堆积力。它对于维持DNA双链结构的紧密性和方向性起着重要作用。在变性条件下，随着双螺旋结构的解体，这些长程相互作用也会随之减弱或消失。
当上述两种力量被破坏到一定程度时，原本紧密结合在一起的两条单链就会分开，形成两个独立的单链分子，这就是DNA变性的基本原理。需要注意的是，在不同的温度、pH值或其他化学条件下，这两种力的变化程度可能会有所不同，因此实际操作中需要根据具体情况来调整实验条件以实现有效的DNA变性。
