蛋白质腐败是指在肠道细菌的作用下，未消化的蛋白质以及未被吸收的氨基酸所发生的分解代谢过程。这个过程会产生多种不同类型的物质，下面详细介绍。
首先是胺类物质。肠道细菌的脱羧酶能使氨基酸脱羧生成胺类。例如，组氨酸脱羧产生组胺，赖氨酸脱羧产生尸胺。组胺具有舒张血管和降低血压的作用，尸胺则有特殊的臭味。如果这些胺类物质在体内大量蓄积，会对人体产生不良影响，可能导致血压波动等生理功能紊乱。
其次是氨。蛋白质腐败产生氨的途径有两条，一是未被吸收的氨基酸在肠道细菌作用下脱氨基生成氨，二是血液中的尿素渗入肠道，在肠菌尿素酶的作用下水解生成氨。氨具有毒性，若大量氨被吸收进入血液，会加重肝脏解毒负担，严重时可影响神经系统功能，甚至引发肝性脑病等疾病。
此外，还会产生一些其他有害物质。比如苯酚，它是由芳香族氨基酸（如酪氨酸等）分解产生的，苯酚对人体有一定毒性。吲哚和甲基吲哚是色氨酸的分解产物，它们具有强烈的粪臭味，是粪便臭味的主要来源之一。还有硫化氢，它是含硫氨基酸（如半胱氨酸、甲硫氨酸等）分解产生的，硫化氢有臭鸡蛋气味，并且对细胞呼吸酶有抑制作用。另外，腐败过程还可能产生甲烷等气体，这些气体在肠道内积聚，会引起腹胀等不适症状。
