肝脓肿主要包括细菌性肝脓肿和阿米巴性肝脓肿，二者临床表现有一定相似性，但也存在差异。

细菌性肝脓肿通常起病较急，主要临床表现有高热，体温可高达39℃ - 40℃，多为弛张热，这是因为细菌感染后释放毒素，刺激机体体温调节中枢，导致体温异常升高。患者还会伴有明显的寒战，这是由于细菌毒素作用于机体，使骨骼肌收缩产热，以应对感染。肝区疼痛也是常见症状，多为持续性钝痛或胀痛，这是因为肝脏炎症导致肝包膜受牵拉所致。疼痛可因炎症刺激膈神经而放射至右肩部。部分患者有乏力、食欲减退、恶心和呕吐等全身症状，这与感染导致的机体代谢紊乱、胃肠功能受影响有关。严重时可出现黄疸，一般为轻度黄疸，若脓肿压迫胆管或引起胆管炎，黄疸可能会加重。

阿米巴性肝脓肿起病相对较缓慢，病程较长。发热一般为低热，体温多在38℃ - 39℃，也可出现高热。患者同样有肝区疼痛，疼痛性质多样，可为钝痛、胀痛或刺痛。由于病程较长，患者常有消瘦、贫血、营养不良等表现。部分患者有腹泻病史，因为阿米巴原虫主要经肠道感染，可先引起肠道病变，进而侵袭肝脏形成脓肿。

肝脓肿患者还可能出现肝肿大，通过体格检查可触及肿大的肝脏，质地较软，有压痛。如果脓肿穿破肝包膜，可导致严重的并发症，如膈下脓肿、脓胸、急性腹膜炎等，此时会出现相应部位的症状和体征，病情往往较为凶险。