蛋白能量营养不良是一种由于缺乏能量和（或）蛋白质所致的营养缺乏症，其病因是多方面的，主要可分为原发性和继发性两大类。

原发性病因主要与食物摄入不足有关。在一些经济落后地区，食物供应匮乏，人们难以获取足够的富含蛋白质和能量的食物，如肉类、蛋类、奶类等，长期处于低蛋白、低能量饮食状态，就容易引发蛋白能量营养不良。另外，不良的饮食习惯也是重要因素，例如挑食、偏食，导致食物种类摄入单一，不能满足身体对蛋白质和能量的需求。一些儿童可能因家长喂养不当，过早断母乳且未及时添加合适的辅食，或者过度依赖单一食物，也会造成营养摄入不均衡。

继发性病因与疾病或其他因素影响营养的消化、吸收、利用以及需求增加有关。消化系统疾病是常见原因之一，如慢性腹泻、短肠综合征、消化道畸形等，会影响食物的消化和吸收，使营养物质不能被充分利用。肝脏疾病会影响蛋白质的合成，肾脏疾病可能导致蛋白质丢失过多。慢性感染性疾病，如结核病、艾滋病等，会使身体处于高代谢状态，能量和蛋白质消耗增加。恶性肿瘤患者，肿瘤细胞会与正常组织争夺营养，并且放化疗等治疗手段也会影响患者的食欲和消化功能，导致营养摄入减少。此外，一些精神心理因素，如神经性厌食症，患者主动限制食物摄入，也会引起蛋白能量营养不良。还有一些特殊生理状态，如孕妇、哺乳期妇女、生长发育期儿童等，对蛋白质和能量的需求增加，如果补充不及时，也可能出现营养不良。