先天性肥厚性幽门狭窄是新生儿期常见的消化道畸形，目前病因尚未完全明确，可能与以下多种因素有关。

遗传因素在先天性肥厚性幽门狭窄的发病中起到重要作用。该病有明显的家族倾向，研究发现，若父母一方患有此病，其子女的发病率会显著升高。而且不同性别之间遗传度存在差异，男性遗传度较高，男性患者的后代发病风险相对更大。这提示遗传基因可能在疾病的发生中起着关键作用，可能存在某些特定的致病基因通过遗传传递，影响幽门肌肉的发育和功能。

神经发育异常也是一个重要因素。幽门环肌中含有的神经丛发育不良，导致神经节细胞减少以及神经递质异常。正常情况下，神经调节对于幽门肌肉的正常舒缩至关重要。当神经发育出现问题时，幽门肌肉的正常功能受到干扰，无法正常舒张，进而导致幽门持续收缩、肥厚，最终引起幽门狭窄。例如，一些研究发现患者幽门组织中一氧化氮合酶等神经递质的含量明显降低，影响了肌肉的松弛过程。

胃肠激素紊乱也可能与本病相关。在胚胎发育过程中，胃肠激素的平衡对于消化道的正常发育和功能维持十分重要。某些胃肠激素如促胃液素的异常分泌，可能会刺激幽门环肌增生肥厚。促胃液素能够促进胃酸分泌和胃肠平滑肌收缩，当促胃液素水平升高时，可导致幽门肌肉过度收缩和增生，逐渐形成狭窄。此外，其他胃肠激素如血管活性肠肽等的失衡也可能参与了疾病的发生发展。

环境因素也可能对发病有一定影响。例如，出生时的季节、地区等因素可能与发病率存在一定关联。有研究发现，春季出生的婴儿发病率相对较高，推测可能与环境中某些因素如病毒感染、饮食等有关，但具体机制还需要进一步研究证实。

综上所述，先天性肥厚性幽门狭窄的病因是多方面的，是遗传因素、神经发育异常、胃肠激素紊乱以及环境因素等多种因素相互作用的结果。