NADH和FADH2是细胞呼吸过程中重要的电子载体，它们在呼吸链中的作用位置有所不同。NADH主要是在复合物I（也称为NADH脱氢酶）处进入呼吸链的，在这里它将电子传递给辅酶Q（CoQ）。而FADH2则是通过复合物II（琥珀酸-泛醌还原酶或称琥珀酸脱氢酶）加入到呼吸链中，直接将电子传递给辅酶Q。
由于NADH和FADH2在呼吸链中的进入点不同，它们对ATP生成的贡献也有所差异，通常情况下，NADH产生的ATP比FADH2多。这是因为从复合物I开始的电子传递路径能够通过更多的质子泵作用产生更高的质子梯度，从而驱动更多的ATP合成。
