药品集中托管在收支管理环节上，实行药品“收支两条线”。医院药品收入统一到政府卫生财政，每月由政府与供应商结算药款。同时，政府卫生部门通过财政方式补贴回到医院。除了通过剥离医院采购权与收支两条线所挤压出的灰色利益空间，由于引入第三方电子交易平台，医院和药厂直面交易，这种直通车模式排斥了药品流通环节，节约医`学教育网搜集整理流通成本。

　　江苏省医药公司副总经理：陈冬宁

　　以前我们商业公司是靠这个药品差价，比如说我进来一块钱，我卖了一块一或者一块零五，我赚了这个差价，来获取利润，现在我是靠我的配送，配送费来获取我们企业的利润的。这是现在这个集中采购跟医`学教育网搜集整理以前的不一样的，最大的不同。

　　陈东宁承认，在药品集中托管中，从药品经营企业到药品配送企业的简单身份转换，挤出了部分药品企业经营利润。

　　江苏省医药公司副总经理：陈冬宁

　　靠药品差价相对来讲利润要比现在配送的利润要高一点，比如说我们毛利能达到六个点到七个点，也就是一千万，假如我做一千万的话，我的毛利可能也要达到六十万左右，现在只有达到四十万左右了。

　　2008年8月，江苏和浙江的部分医药企业曾声讨南京的药品集中托医`学教育网搜集整理管模式，他们担心在新的药品集中托管模式中，生产企业和经营企业将处于前所未有的弱势地位中，生产企业面对着直接的低价压力，而经营企业则必须面对弱化为“搬运工”的窘境。虽然利润被挤压，但陈冬宁承认，药品集中托管对于他们这样的医药经营企业来说，也并非是一件坏事。

　　江苏省医药公司副总经理：陈冬宁

　　说实话，医院有拖欠现象，三个月、四个月，甚至五个月的，在这次招标中，这次集医`学教育网搜集整理中网上集中采购中，因为有政府信用的担保，我们可以在预定的时间，两个多月就可以及时到帐了，资金的周转对我们这个流动企业来讲，很重要的，提前一个月，说实话，影响力也不小，本质上我们的利就很薄，所以从这点上讲，我们的企业的利益得到了保障。

　　就在一些国有医药经营企业因为南京的药品集中托管而抱怨的时候，一家民营医药经营企业却借着这个机会打进了南京三甲医院。

　　九州通集团董事局主席：刘宝林

　　最近呢就是应该说是我们九州通有史以来能够直接在三甲医院开户的这样一个首例，现在南京市有九家三甲医院，我们在开户了八家，因为这是一个很大的突破。

　　同样是在2000年，与宿迁改制医院同时发展的这家民营医药经营通企业，这9年以来，从没有给二甲级以上的公立医医`学教育网搜集整理院往配送过药品，更不用说登上三甲医院的药房大门了。