北京药师协会是服务于执业药师的非盈利性团体,从办会以来就有自己的北京药师协会宗旨。全体工作人员也以北京药师协会宗旨为工作具体准则。北京药师协会宗旨以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和"三个代表"的重要思想为指导,全面落实科学发展观,坚持科学技术是第一生产力的思想,发扬行业指导,服务自律,协调监督作用,团结和组织广大执业药师(从业药师),实施科教兴国和可持续发展战略,促进药学科学技术的繁荣与发展、普及与提高,促进药学人才的成长,促进药学科学技术与经济的结合,保证药品质量和药学服务质量,代表和维护执业药师的合法权益,为发展药学科学,实现最广大人民群众的根本利益服务。