参与免疫功能的器官与无被膜淋巴组织、免疫细胞（主要为淋巴细胞、巨噬细胞等）共同组成免疫系统。免疫器官由中枢免疫器官和周围免疫器官两部分组成，主要组成部分是淋巴组织。中枢免疫器官包括胸腺和骨髓（在禽类是法布里齐奥氏囊），在胚胎发育中出现较早。造血干细胞在其中增殖分化为B淋巴细胞和T淋巴细胞，中枢免疫器官将B细胞或T细胞送到周围免疫器官，淋巴细胞在中枢免疫器官内不需抗原刺激即可增殖。周围免疫器官包括相互连接成网络的血循环和淋巴循环两个循环通路，包括脾脏、分散全身各处的淋巴结、肠壁淋巴小结、呼吸道粘膜的淋巴组织、阑尾、扁桃体等，在胚胎中出现较迟。周围免疫器官中的淋巴细胞由中枢免疫器官迁移来，需受到抗原刺激才能增殖，故其增殖是抗原依赖的。免疫反应在此发生。摘除成年动物的中枢免疫器官，则周围免疫器官已有足够的T细胞和B细胞，正常的免疫活动不受影响。 哺乳类动物包括人类的 T淋巴细胞是在胸腺内产生，而B淋巴细胞在胎儿期于肝脏内产生，成年时在骨髓内产生。在胸腺和骨髓内，B和T淋巴细胞表面产生特异的抗原受体，这些抗原受体是淋巴细胞与抗原结合、发生反应的重要细胞膜结构。此外，在中枢免疫器官内，T和B淋巴细胞就已形成了对“自己”抗原
