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1.针对病原微生物，作为控制菌斑微生物的辅助手段。由于有下列情况存在，需使用抗菌药物作为机械治疗的补充：A.对于深牙周袋、窄而深的骨下袋以及后牙根分叉区病变等感染部位，器械不易到达，难以彻底清除患处的菌斑细菌，需辅助用药。B.对于侵入牙周组织内的微生物，需用药物治疗。C.口腔内其他部位如舌背、颊黏膜及扁桃体等处的微生物可再定植于牙周袋，可致疾病的复发。D.对牙周病的易感者，在机械治疗后于牙周袋内施用抗菌药物，有助巩固疗效、防止复发。E.牙周组织的急性感染需要给予全身或局部的药物治疗。F.伴有糖尿病、HIV感染、风湿性心脏病等全身性疾病的患者，需在检查和治疗时预防用药。G.对于暂时不能行使口腔卫生措施者，用化学制剂含漱，以预防或减少菌斑的形成。但不宜长期依赖药物医学`教育网搜集整理。
2.调节宿主的防御机能：牙周病的发生，不仅与致病微生物有关，也与宿主对微生物的免疫反应过程和防御功能有关。可通过使用化学药物来调节宿主的防御功能，阻断疾病的发展。
