该物种为中国植物图谱数据库收录的有毒植物，其毒性为全草有毒，鳞茎毒性较大。误食后有呕吐、腹痛、腹胀、脉搏频微、出冷汗、下痢、呼吸不规律、体温上升、昏睡、虚脱等，严重者发生痉挛、麻痹而死。鳞茎的浸剂对豚鼠、兔和猫的子宫都有很强的兴奋作用，能使鸽呕吐。小鼠腹腔注射水仙总生物碱LD50为182mg/kg；狗肌肉注射16mg/kg，出现活动减少、不食，部分死亡。
水仙的花、枝、叶都有毒，所以要警防小孩子无意间的吞食。
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