食管癌象其他的恶性肿瘤一样虽然有基因的变化背景，涉及多因素、多阶段、多基因变异积累及相互作用的复杂过程，在分子水平上涉及众多原癌基因、抑癌基因以及蛋白质的改变。但长期不良的生活或饮食习惯可能是导致食管癌发生的元凶。目前认为，引起食管癌的相关危险因素主要有：进食含亚硝胺类较多的食物(如喜欢腌制酸菜)或霉变食品、长期喜进烫食(如潮汕人食管癌发病率高可能与长期喝功夫茶有关)、不良嗜好(如吸烟、饮酒)等。我国是食管癌高发地区，位居肿瘤死亡的第四位。
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