女性症状：阴道滴虫寄生在女孩的阴道和尿道内，也可寄生于男孩的泌尿生殖器官内，引起滴虫性阴道炎或尿道炎。滴虫性阴道炎常见症状为外阴瘙痒与白带增多。白带可呈白色、赤色、沫状，脓状或水状，常以泡沫状为典型。阴道粘膜出血可引起赤带，有化脓性细菌同时存在可呈脓带。滴虫性尿道炎可有尿痛、尿频等症状。粪便或阴道分泌物找到活动的滴虫可确诊。
男性症状：毛滴虫仅仅侵犯前尿道，患者多无症状，因此，常常不被发现而漏诊。如毛滴虫侵犯后尿道或前列腺时，可发生排尿痛、尿道口有痒感，或尿道口有分泌物，但量很少。由于毛滴虫能消耗阴道内的糖原，改变阴道内的酸碱度，破坏阴道内的防御机能，容易引起继发细菌感染。所以，在治疗毛滴虫性阴道炎时要考虑继发感染的轻重，加入有效的抗生素。诊断生殖器滴虫病需作实验室检查。最实用和可靠的检查化验是在女性的阴道和男性的尿道取分泌物直接找毛滴虫。一般用消毒棉拭子在阴道或尿道拭取分泌物，置于含有1～2mL的温热生理盐水试管中，用来涂成悬滴薄片，进行镜检，即可见到毛滴虫。毛滴虫也可经过培养检查，其准确率可达98%。
