第一，防止金黄色葡萄球菌污染食品
防止带菌人群对各种食物的污染：定期对生产加工人员进行健康检查，患局部化脓性感染（如疥疮、手指化脓等）、上呼吸道感染（如鼻窦炎、化脓性肺炎、口腔疾病等）的人员要暂时停止其工作或调换岗位。
对肉制品加工厂，患局部化脓感染的禽、畜尸体应除去病变部位，经高温或其他适当方式处理后进行加工生产。
第二，防止金黄色葡萄球菌肠毒素的生成
应在低温和通风良好的条件下贮藏食物，以防肠毒素形成；在气温高的春夏季，食物置冷藏或通风阴凉地方也不应超过6小时，并且食用前要彻底加热。
第三，杀死金黄色葡萄球菌
金黄色葡萄球菌对热和干燥的抵抗力较一般无芽胞细菌强，加热到73.9℃时瞬间即可被杀死。在干燥的脓汁、痰液中可存活2～3月。5%石炭酸中10～15分钟死亡。对碱性染料敏感，十万分之一的龙胆紫液即可抑制其生长。
