长效避孕药的副作用可表现为类早孕反应、月经期间阴道不规则出血、月经周期缩短、月经量过多或过少、乳房肿胀、心悸、潮红、腰酸、腹痛、头痛、白带增多等。服用长效避孕药后如导致月经量过多或过少及白带增多的症状一般不需治疗，如出现其他症状后最好是好医院检查一下。
从化学成分来说，长效避孕药与短效避孕药类似，可分为雌激素、孕激素及雌孕合剂三种。如果有女性对它的副作用敏感，那么其副作用也应与同成分的短效避孕药相同。需要注意的是，由于长效药物需要一次性放入体内，量比较大，停药后可能有一定的蓄积。所以在一般情况下，建议没有生育过的妇女最好不要服用长效避孕药。如果服药后想生孩子，应当停药3个月至半年。
在使用过目前市场上最常见的长效避孕药后，不少女性都抱怨药物让她们产生了类早孕反应，如恶心、呕吐等，还有人产生了过敏反应、月经失调、白带增多及血压升高等问题。一旦停药，则完全恢复正常。
