1、 致病菌主要为链球菌或者葡萄球菌，慢性扁桃体炎多由于急性扁桃体炎的反复发作而演变，扁桃体实质结构的增生或纤维蛋白样变性，瘢痕形成导致扁桃体隐窝口阻塞，引流不畅，细菌与炎性渗出物积聚其内，反复刺激导致扁桃体增大。
2、 继发于某些急性传染病如猩红热、白喉、流感、麻疹等。
3、 根据免疫学说扁桃体隐窝内细菌、病毒及代谢产物进入体液后，可引起抗体形成，继之腺体内产生抗原抗体结合物，能起到一种复合免疫作用，从而认为慢性扁桃体炎是一种自身免疫反应。
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