慢性乙肝在全身各个系统均可发生并发症，常见的有：
一、肝源性糖尿病：肝源性糖尿病有两型。
(1)胰岛素依赖型：是由于肝炎损害了胰岛β细胞，导致胰岛素分泌减少，要靠补充胰岛素治疗。
(2)非胰岛素依赖型：是肝脏对胰岛素降糖的生理作用降低，以致胰岛素不能充分发挥作用。本型糖尿病多见，胰岛素治疗效果较差。
二、脂肪肝：慢性乙肝易继发脂肪肝，其机理为：
(1)进入肝脏的脂肪酸增多；
(2)肝脏合成脂肪酸增加或氧化减少，致使甘油三脂增多；
(3)肝细胞输出甘油三脂减少；
(4)进入肝脏的糖过多。患者常在肝炎后发胖，血清谷丙转氨酶(ALT)中度升高、血脂升高，肝脏B超检查呈脂肪肝波型。
三、肝炎后高胆红素血症：
此指病毒性肝炎后部分患者遗留轻度黄疸，黄疸持久不退，中西药治疗效果欠佳，肝功能大多正常。
四、肝硬化：
肝炎后肝硬化有两种，一种是大结节性肝硬化，一种是小结节性肝硬化。后者常发生于部分无症状、乙肝表面抗原(HBsAg)携带者。此类患者由于症状不明显，肝功能损害轻，呈长期隐匿性发展，直到肝功能失代偿，出现腹水或上消化道大出血等症象时才被确诊。
五、肝癌：
上述两种肝炎后肝硬化均可发展成原发性肝癌。无症状慢性HBsAg携带者也可不经过肝硬化阶段，而发展为原发性肝癌。
