主要为全身单核-巨噬细胞系统的炎性增生反应，此病变镜检的最显著特征是以巨噬细胞为主的细胞浸润，巨噬细胞内可见吞噬了的淋巴细胞、红细胞、伤寒杆菌及坏死组织碎屑，称为“伤寒细胞”，是本病的特征性病变。若伤寒细胞聚积成团，则称为“伤寒结节”。
主要病变部位在回肠下段的集合淋巴结和孤立淋巴滤泡。病程的第1周，病变部位高度肿胀，镜下见到大量巨噬细胞浸润、增生；第2周病变组织坏死；第3周坏死组织脱落形成溃疡，此时可发生肠出血或肠穿孔；第4周后溃疡组织逐渐愈合，不留疤痕或狭窄。肠系膜淋巴结也有类似病变。脾脏及肝脏的病变也较为显著。全身单核-巨噬细胞系统增生、吞噬作用增加及内毒素等的作用致血小板、白细胞减少或贫血。
