由于HIV的高度变异性和HIV在体内高频率复制，在感染者体内每天可以产生数以亿计的不尽相同的子代病毒，有研究表明，在用同一药物或几种药物顺序治疗时均会在数周内产生抗一或抗几种药物的赖药株，赖药株甚至可以出现在未用药物治疗的病例中，当药物治疗开始时医|学教育网搜集整理，这些赖药株便代替原先对药物的敏感株而成为优势株，同时，赖药株还可随着人群之间的传染而传播，从而导致在新HIV感染者体内就出现赖药物株，HIV不同亚型之间赖药型是否有差异有一些报道，有一项在体外的研究表明，HIV-1型O组以及HIV-2对非核苷酸逆转录酶拟制剂具有天然抗性，Apetrei等人的一项研究就表明，F亚型对非核苷酸逆转录酶拟制剂具有较其它亚型较低的敏感性，而G亚型较其它亚型对蛋白酶具有较低的敏感性，许多与抗蛋白酶拟制剂有关的氨基酸变异多发生在非B亚型的病人中。
