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柯萨奇病毒对乳鼠的敏感性很高，根据它们感染乳鼠产生的病灶，柯萨奇病毒可以分为A、B两组。A组有23型病毒，B组有6型病毒。通过型特异性抗原，经中和试验。ELISA方法等可以对各型进行鉴定。所有的B组及A组的第9型有共同的组特异性抗原，在B组内病毒之间有交叉反应，但是A组病毒没有共同的组特异性抗原。A组某些型别的型特异性抗原可在37℃引起人类O型红细胞凝集反应。
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