免疫系统最重要的生理功能是对“自己”和“非已”抗原分子的识别及应答，这种识别作用是由免疫细胞完成的。免疫细胞对抗原分子的识别、活化、分化和效应过程，称之为免疫应答。免疫细胞的识别功能，是在个体发生中获得的，因此在免疫应答过程中，抗原分子对免疫细胞只起选择和触发作用。
免疫细胞在抗原识别过程中，可被诱导活化、分化并产生效应分子（抗体）和效应细胞医学教|育网搜集整理，称之为正免疫应答。亦可被诱导使免疫细胞处于不活化状态，称之为免疫耐受或负免疫应答，因而不能产生排已效应。机体通过上述二种机制，借以维持自身免疫稳定性。
在免疫功能正常条件下，机体对“非已”抗原可形成正免疫应答，并产生排异效应，发挥免疫保护作用，如抗感染免疫和抗肿瘤免疫。而对“自己”抗原，则形成自身耐受状态或负免疫应答，因而不能产生排已效应。机体通过上述二种机制，借以维持自身免疫稳定性。
