手术治疗仍为目前治疗棘球蚴病的主要治疗手段。手术的原则是清除内囊，防止囊液外溢，消灭外囊残腔，预防感染。具体手术方法依包囊大小，有无胆瘘和感染或钙化决定。
（一）内囊摘除术：是基本的方法，适用于无感染的包囊。手术时用敷料将周围妥为保护，并使与腹内脏器及腹腔完全隔开。以长针头带三通接头穿刺包囊，先抽吸出小部分囊液，再注入等量4%或10%甲醛液以杀灭头节，数分钟后迅速抽吸囊液，内囊塌陷后即与外囊分离；将外囊切开医学教，育网|搜集整理，摘除内囊及子囊，再以双氧水涂擦外囊壁。对外囊壁残腔的处理力求将其缝闭，巨大者亦可填塞大网膜，以防腔内渗液感染。
（二）内囊摘除并外囊闭式引流术：适用于有感染或有胆瘘的巨大包囊而囊壁不易塌陷者，在内囊摘除后放置闭式引流。
（三）内囊摘除并外囊一空肠“Y”型内引流术：用于与较大胆管相通坚韧不易塌陷闭合的外囊残腔。吻合口宜宽大并以空肠侧面吻合为佳。
（四）袋形缝合术：曾用于合并感染的病例，但术后都形成混合感染、胆瘘，成为经久不愈的复杂的窦道，病人痛苦。现已渐摒弃不用，改为彻底清除腔内的污物，尽量缩小残腔后留置闭式引流，配合抗感染治疗，使残腔早日闭合。
（五）肝叶切除术：用于钙化的肝包虫和泡状棘球蚴病例。
