最常用的染料有FITC和藻红蛋白类（PE）及罗丹明等。
FITC（异硫氰酸荧光素）：绿色530nm
PE（藻红蛋白）：橙黄色575nm
PerCP（多甲藻黄素叶绿素蛋白）：深红色675nm
PI（碘化丙啶）：橙红色620nm
488nm波长的氩离子激光激发医学教.育网搜集整理
APC（别藻青蛋白）：红色660nm
630nm波长的氦氖激光或红色二极管激光激发
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