分子生物学方法是一类利用细胞因子的基因探针检测特定细胞因子基因表达的技术。目前所有公认的细胞因子的基因均已克隆化，故能较容易地得到某一细胞因子的cDNA探针或根据已知的核苷酸序列人工合成寡聚核苷酸探针。利用基因探针检测细胞因子mRNA表达的方法多种多样，常使用斑点杂交、Northernblot、逆转录PCR，细胞或组织原位杂交等。实验的关键在于制备高质量的核酸探针和获得合格的待测物（提取的mRNA样品或细胞/组织标本）。核酸探针是指一段用放射性同位素或其他标记物（如生物素、地高辛等）标记并与目的基因互补的DNA片段或单链DNA、RNA.根据其来源可分为cDNA探针、寡核核苷酸探针、基因组基因探针及DNA探针等。其中cDNA探针和人工合成寡核苷酸探针常用于斑点杂交及Northern blot，而RNA探针因穿透性好更适用于原位杂交。核酸医学教|育网搜集整理探针技术的应用已经程序化，以cDNA探针为例主要包括：

　　（1）质粒DNA的提取；

　　（2）靶DNA片段的分离；

　　（3）靶DNA片段标记；

　　（4）待测样品mRNA的提取；

　　（5）标记cDNA探针对待检样品的杂交；

　　（6）放射自显影或显色分析。

　　近年来出现的RT-PCR检测特异性mRNA的方法也广泛用于细胞因子研究领域。该法具有灵敏、快速等优点，甚至从1～10个细胞中就可检出其中的特异mRNA.