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白头翁汤与芍药汤同为治痢疾之良方，但前者主治热毒深陷血分之痢疾，症见腹痛、里急后重、下痢脓血、赤多白少、渴欲饮水等，治以清热解毒，凉血止痢，使热毒解，痢止而后重除；后者主治湿热壅滞肠道，气血不和之痢疾，症见腹痛、便脓血、里急后重、赤白相兼、肛门灼热、小便短赤、舌苔黄腻等。故治以调和气血与清热解毒并进，且取“通因通用”之法，使“行血则便脓自愈，调气则后重自除。”
两方主要区别在于：白头翁汤是清热解毒兼凉血燥湿止痢，芍药汤是清热燥湿与调和气血并用。
