确保医疗决策中患者的自主权是医疗卫生服务的重要原则之一。这不仅体现了对患者尊严和权利的尊重，也是提高医疗服务质量和满意度的关键因素。以下是几个方面来保障患者自主权的方法：
1. 提供充分信息：医生应当向患者提供关于其病情、治疗方案的选择以及可能的结果等全面而准确的信息。确保患者能够理解这些信息是做出知情同意的基础。
2. 尊重患者的意愿和选择：在提供必要的医疗建议的同时，也要尊重患者个人的价值观、信仰和个人偏好，并尽可能地按照他们的意愿来制定治疗计划。
3. 保障隐私权：保护患者的个人信息安全，不泄露其健康状况等相关资料。只有当法律法规要求或者对患者本人或他人构成直接威胁时，才可向第三方披露信息。
4. 实施知情同意程序：在进行任何检查、手术或其他医疗行为之前，必须获得患者的明确同意。对于无法表达意愿的患者（如儿童或意识不清者），则需要法定代理人代为签署知情同意书。
5. 提供咨询和支持服务：为有需要的患者提供心理辅导和社会工作等支持性服务，帮助他们更好地理解和处理自己的健康问题及决策过程。
6. 建立有效的沟通机制：医生与患者之间应保持开放、诚实和及时的交流。鼓励患者提出疑问，并耐心解答他们的困惑。

通过上述措施，可以有效地保障乡村全科执业助理医师在日常工作中尊重并维护患者的自主权。