乡村全科执业助理医师在服务过程中，会面临多种农村公共卫生挑战。首先，基础设施不足是一个显著问题，包括医疗设施落后、药品和医疗器械短缺等，这些都会影响到医疗服务的质量和效率。其次，专业人才缺乏也是一个重要挑战，由于待遇、工作环境等因素，很多有经验的医生不愿意长期留在农村地区工作，导致当地医务人员数量不足且专业水平参差不齐。
此外，健康教育普及程度较低也是当前农村面临的一大难题。许多村民对常见疾病的预防知识了解不够，缺乏基本的自我保健意识，这不仅增加了疾病的发生率，也给疾病的早期发现和治疗带来了困难。例如，高血压、糖尿病等慢性病在农村地区的患病率较高，但很多患者因为缺乏正确的健康观念而未能及时就医。
再者，环境卫生条件较差也是一个不容忽视的问题。部分农村地区存在饮水安全问题，如水源污染；同时，一些地方的垃圾处理不当也会成为疾病的滋生地，增加了传染病的风险。
最后，随着城镇化进程加快，大量青壮年劳动力外出务工，留守老人和儿童成为了主要人群，这部分群体往往身体素质相对较弱，对医疗服务的需求更为迫切。因此，如何提高农村地区公共卫生服务水平，保障这些弱势群体的健康权益，是当前亟待解决的问题之一。
