合理选择抗菌药物是确保治疗效果，减少细菌耐药性的重要环节。在乡村全科执业助理医师的工作中，面对抗菌药物的选择时，应考虑以下几个方面：

首先，明确感染的病原体。不同的病原体对抗菌药物的敏感度不同，因此，在条件允许的情况下，应该进行病原学检查，如血液、尿液或分泌物培养及药敏试验，以确定具体的致病微生物及其对各种抗菌药物的敏感性。

其次，了解患者的具体情况。包括患者的年龄、性别、体重、肝肾功能状态等，这些因素都会影响到抗菌药物的选择和剂量调整。例如，对于肾功能不全的患者，需要选择主要由肝脏代谢或具有较宽安全范围的抗菌药物，并根据肌酐清除率适当减少剂量。

再次，考虑抗菌药物的作用机制、药代动力学特性以及可能产生的不良反应。不同的抗菌药物有不同的作用机理，有的是通过抑制细菌细胞壁合成起效（如青霉素类），有的则是干扰蛋白质合成过程（如大环内酯类）。选择时应优先考虑对目标病原体有效且副作用小的药物。

最后，遵循当地或国家制定的相关指南和政策。随着抗生素滥用导致的耐药性问题日益严重，许多国家和地区都出台了相关的指导原则和管理规定，这些文件可以为临床医生提供重要的参考依据。

总之，在选择抗菌药物时应综合考虑上述因素，并结合实际情况做出最合适的决策。同时，还应该定期关注最新的研究进展和临床指南更新，不断提高自己的专业水平。