乡村全科助理医师在使用抗菌药物时确实存在一定的限制，这些限制主要是为了保证患者安全和合理用药，防止滥用抗生素导致的耐药性增加。具体来说，有以下几个方面需要注意：

首先，在诊断明确的情况下才能使用抗菌药物。这意味着只有当医生通过临床检查、实验室检测等手段确诊为细菌感染，并且认为有必要使用抗菌药物治疗时，才可以开具相关处方。

其次，选择合适的抗菌药物非常重要。乡村全科助理医师应该根据病原菌的敏感性测试结果来挑选最有效的抗菌药物，或者依据当地的流行病学资料和经验判断可能的致病微生物种类及其对抗生素的敏感情况。同时也要考虑到患者的个体差异如年龄、体重、肝肾功能等因素。

再次，严格控制用药剂量与时长。严格按照药品说明书或临床指南推荐的剂量给药，并且在达到预期疗效后及时停用抗菌药物以减少不必要的暴露时间。

此外，对于某些特殊类型的抗菌药物（例如碳青霉烯类等高级别抗生素），乡村全科助理医师可能没有权限直接开具处方，需要转诊至上级医院由具备相应资质的专业医生进行评估和治疗。

最后，加强患者教育也是非常重要的。在给予抗菌药物的同时，应告知患者正确服药的方法、可能出现的不良反应以及按时复诊的重要性等信息，增强患者的依从性和自我管理能力。

总之，乡村全科助理医师在使用抗菌药物时应当遵循科学合理的原则，既要确保有效治疗疾病又要避免滥用造成资源浪费或健康隐患。