学校的前身为中国工农红军军医学校，1931年11月，经中央军委批准创建于中华苏维埃共和国临时中央政府诞生地——江西瑞金，是中国共产党创办的第一所医学院校，中央军委总军医处处长贺诚兼任校长。1932年2月22日，在江西雩都举行开学典礼，毛泽东同志亲自为学校制定了“政治坚定，技术优良”的办学方针，朱德总司令到会讲话。1932年10月，中央军军委决定军医学校更名为中国工农红军卫生学校。1934年10月，作为军委直属队的一部分从瑞金出发全程参加了举世瞩目的两万五千里长征，担任救护工作并坚持办学，在中国共产党和人民军队医学教育史上写下了前无古人、后无来者的壮丽诗篇。

1935年12月学校到达陕北，在瓦窑堡办学。1937年1月迁至延安，同年8月更名为“八路军卫生学校”并随总卫生部开赴抗日前线，学校师生参加了平型关战役、阳明堡战役的救护工作。1940年9月经毛泽东同志提议、中共中央批准，学校定名为中国医科大学。1941年，毛泽东同志为中国医科大学第一期（创校以来第十四期）毕业生题词：“救死扶伤，实行革命的人道主义”。这一题词是中国医大人的行动指南，最终成为全国医务工作者的座右铭。

1945年11月，根据中共中央建立巩固的东北革命根据地指示精神，中国医科大学从延安出发挺进东北。1946年7月到达黑龙江兴山（现鹤岗市），合并了东北军医大学（前身为哈尔滨陆军军医学校）。1947年1月合并东北大学医学院和原哈尔滨医科大学一部分。1948年陆续建立了四所分校，后第一、第二分校合并发展为现哈尔滨医科大学，第三分校迁回校本部，第四分校发展为现承德医学院。

1948年11月东北全境解放，中国医科大学奉命进驻沈阳，接收、合并了原国立沈阳医学院（前身为满州医科大学，1911年由日本国南满铁道株式会社建立）和原私立辽宁医学院（前身为盛京医科大学，1883年由英国苏格兰教会建立）。1952年10月，根据国家教育部关于院系调整的决定，中国医科大学药学院独立为东北药学院（即现沈阳药科大学）。1954年8月，中国医科大学划归国家卫生部管理；1956年9月根据国务院指示改名为沈阳医学院，1978年1月恢复中国医科大学校名。2000年起由辽宁省和国家卫生部共建；2015年12月成为辽宁省人民政府、国家卫生和计划生育委员会、教育部共建高校。

中国医科大学建校至今，共培养了9万多名高级医学专门人才，毕业生遍布全国各地及许多国家和地区，培养和造就了一大批国家卫生管理的高级领导干部和著名医学专家。目前学校在基础医学、临床医学、生物学、口腔医学、公共卫生与预防医学、护理学等6个学科具有一级学科博士学位授予权，有5个国家重点学科和1个国家重点（培育）学科、40个国家卫生计生委国家临床重点专科建设项目、6个辽宁省高等学校特色学科、7个博士后流动站和21个本科专业。

今天的中国医科大学面临着前所未有的发展机遇，全校师生团结一致，担当奉献，正在为建设国内、国际知名医科强校而全力拼搏。