温州医科大药学院设有药学系、中药学系、生物制药系、临床药学系、实验教学中心和执业药师培训与继续教育中心。现有4个本科专业：药学、中药学、制药工程、临床药学。目前具有在校生约1000人（不含独立学院——温州医科大学仁济学院药学系），其中博士研究生3人，硕士研究生180余人，本科生750余人，药学自考生50余人。学院已形成从自考、本科到硕士、博士等多层次较完善的药学教学体系。

医科大药学院共有教师95人，其中正高11人，副高20人，博士59人，博士生导师8人，硕士生导师42人。拥有国家高层次人才特殊支持计划教学老师1人、“长江学者”特聘教授1人、“国家”1人、教育部新世纪优秀人才1人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人、国务院特殊津贴获得者 1人、国家教学指导委员会委员2人；浙江省教学老师2人、浙江省教坛新秀2人、浙江省高校优秀教师1人、浙江省有突出贡献中青年专家1人、“钱江学者”1人、浙江省特聘教授1人、浙江省教学指导委员会委员2人、浙江省“”8人、及浙江省“151”和温州市“551”一二层次人选、省中青年学科带头人和浙江省卫生高层次创新人才等20余人。近几年学院大力引进高水平师资，常年聘请国内外药学知名专家组成专家咨询委员会，已形成一支结构合理、水平较高的人才队伍。